Joonas Pekonen on kysytty orkesterimuusikko Suomessa ja Isossa-Britanniassa, ja hän työskentelee säännöllisesti Philharmonia Orchestran, Lontoon Sinfoniaorkesterin ja Royal Northern Sinfonia -kamariorkesterin riveissä. Syksyllä 2023 Pekonen toimi Oulu Sinfonian 1. konserttimestarina. Keväällä 2024 hänet on kutsuttu vierailevaksi konserttimestariksi Sinfonia Lahteen ja Tampere Filharmoniaan.
Pekonen on opiskellut Sibelius-Akatemian nuorisokoulutuksessa, jonka jälkeen hän jatkoi kandidaatin opintojaan Tero Latvalan ja Merit Palaksen johdolla. Keväällä 2022 hän valmistui parhain mahdollisin arvosanoin Guildhall School of Music and Drama -koulusta Krysia Osostowiczin luokalta. Hänet valittiin Lontoon sinfoniaorkesterin arvostettuun LSO String Experience Scheme -ohjelmaan kaudeksi 2021/2022.
Kiinnostus kamarimusiikkia kohtaan on vienyt Pekosen useille festivaaleille Suomessa ja ulkomailla. Näistä mainittakoon IMS Prussia Cove Open Chamber Music, ROSL Summer Place Festival ja JAM on the Marsh -festivaali Isossa-Britanniassa sekä Fiskars Summer Festival ja Flow-festivaali Suomessa, joista viimeisimmässä hän esitti Philip Glassin musiikkia NYKY Ensemblen kanssa. Pekonen on soittanut myös Picea-kvartetissa, jonka kanssa hän voitti vuoden 2021 St James’ -kamarimusiikkikilpailun Lontoossa. Pekonen on esiintynyt Joensuun ja Kuopion kaupunginorkesterin solistina sekä Tallis Kamariorkesterin solistina soittaen Mendelssohnin viulukonserton.
Pekosen soitin on Suomen Kulttuurirahaston hänelle ystävällisesti lainaama Anonymous Antonio Stradivari 1699 -viulu. Hänen opintojaan ovat tukeneet myös Martin Wegeliuksen muisto -säätiö sekä Jenny ja Antti Wihurin rahasto.